Nitten lig blev opdaget i Jakharrah, omkring 400 km syd for kystbyen Benghazi, mens mindst 30 flere blev fundet i en massegrav i Alkufra-ørkenen i sydøst. Det menes, at den anden grav kan indeholde så mange som 70 lig.
Det vides dog endnu ikke, hvordan personerne døde eller deres nationaliteter IOM bekræftet, at nogle var blevet fundet med skudsår.
"Tabet af disse liv er endnu en tragisk påmindelse om de farer, som migranter står over for, der begiver sig ud på farefulde rejser," sagde Nicoletta Giordano, IOM Libyens missionschef.
"Alt for mange migranter på disse rejser udsættes for alvorlig udnyttelse, vold og misbrug, hvilket understreger behovet for at prioritere menneskerettigheder og beskytte dem, der er i fare."
Gravene blev begge opdaget efter en politirazzia efter sigende på et menneskehandelssted, hvor hundredvis af migranter blev reddet fra menneskehandlere.
Ruten over den libyske ørken til Middelhavets kyster bruges ofte af menneskehandlere til at smugle mennesker til Europa.
En båd, der transporterer migranter 34 sømil langt fra de libyske kyster. (fil).
Libyske sikkerhedsstyrker fortsætter deres operationer for at fange de mennesker, der er ansvarlige for migranternes død, og ifølge nyhedsrapporter er en libysk og to udenlandske statsborgere blevet arresteret.
IOM opfordrede indtrængende de libyske myndigheder "til at sikre en værdig genopretning, identifikation og overførsel af resterne af de afdøde migranter, samtidig med at de underretter og hjælper deres familier".
Det er ikke første gang, en massegrav er blevet afsløret i Libyen. I marts 2024 blev ligene af 65 migranter fundet i den sydvestlige del af landet.
Ifølge IOM's Missing Migrants Project, ud af de 965 registrerede dødsfald og forsvindinger i Libyen i 2024, skete mere end 22 procent på landveje.
IOM sagde: "Dette fremhæver de ofte oversete risici, migranter står over for på landruter, hvor dødsulykker ofte bliver underrapporteret," tilføjede, at "styrkelse af dataindsamlingen, søge og redningsindsats, og migrantbeskyttelsesmekanismer langs disse ruter er afgørende for at forhindre yderligere tab af menneskeliv”.
Migrationsagenturet har opfordret alle regeringer og myndigheder langs migrantsmuglerruter til at styrke det regionale samarbejde for at beskytte og beskytte migranter, uanset deres status.