Le trouble du spectre autistique (TSA) est un trouble neurodéveloppemental complexe qui affecte la façon dont une personne communique et interagit avec les autres, ainsi que la façon dont elle perçoit et réagit au monde qui l'entoure. Les symptômes du TSA peuvent varier de légers à graves et peuvent inclure des difficultés avec les interactions sociales, des difficultés avec la communication verbale et non verbale, des comportements répétitifs et d'autres défis uniques.
Une étude menée par SickKids a séquencé les génomes entiers de plus de 11,000 XNUMX personnes, fournissant de nouvelles informations sur les facteurs génétiques associés aux troubles du spectre autistique.
Les chercheurs de l'Hospital for Sick Children (SickKids) ont révélé de nouveaux gènes et changements génétiques liés aux troubles du spectre autistique (TSA) dans l'analyse de séquençage du génome entier la plus complète de l'autisme à ce jour, améliorant notre compréhension de la base génomique des TSA.
La recherche, publiée dans Cellule, ont utilisé le séquençage du génome entier pour analyser les génomes entiers de plus de 7,000 13,000 personnes atteintes d'autisme et de 134 14 frères et sœurs et membres de la famille supplémentaires. L'étude a trouvé XNUMX gènes liés aux TSA et identifié une gamme de changements génétiques, en particulier des variations du nombre de copies de gènes, qui sont susceptibles d'être liés à l'autisme, y compris des variantes rares associées aux TSA présentes chez environ XNUMX % des participants autistes.
La majorité des données ont été tirées de la base de données Autism Speaks MSSNG, le plus grand ensemble de données sur le génome entier de l'autisme au monde, qui offre aux chercheurs sur l'autisme un accès gratuit et ouvert à des milliers de génomes séquencés.
« En séquençant le génome entier de tous les participants, et avec une implication profonde des familles participantes dans MSSNG sur la formation de nos priorités de recherche, nous maximisons le potentiel de découverte et permettons une analyse qui englobe tous les types de variantes, de la plus petite
” data-gt-translate-attributes=”[{“attribute”:”data-cmtooltip”, “format”:”html”}]”>L'ADN change pour ceux qui affectent des chromosomes entiers”, explique le Dr Stephen Scherer, Senior Scientifique, génétique et biologie du génome et chef de la recherche à SickKids et directeur du McLaughlin Center au Université de Toronto.
Le Dr Brett Trost, auteur principal de l'article et chercheur associé au programme de génétique et de biologie du génome de SickKids, note que l'utilisation du WGS a permis aux chercheurs de découvrir des types de variantes qui n'auraient pas été détectables autrement. Ces types de variantes comprennent des réarrangements complexes de l'ADN, ainsi que des expansions répétées en tandem, une découverte étayée par des recherches récentes de SickKids sur le lien entre l'autisme et les segments d'ADN qui se répètent plusieurs fois. Le rôle de l'ADN mitochondrial hérité de la mère a également été examiné dans l'étude et s'est avéré responsable de XNUMX % de l'autisme.
L'article souligne également des nuances importantes dans la génétique de l'autisme dans les familles avec une seule personne autiste par rapport aux familles qui ont plusieurs personnes autistes, appelées familles multiplex. L'équipe a été surprise de constater que le "score polygénique" - une estimation de la probabilité qu'un individu soit autiste, calculée en agrégeant les effets de milliers de variantes communes dans tout le génome - n'était pas plus élevé parmi les familles multiplex.
"Cela suggère que l'autisme dans les familles multiplex peut être plus susceptible d'être lié à des variantes rares et très percutantes héritées d'un parent. Parce que la génétique et les traits cliniques associés à l'autisme sont si complexes et variés, de grands ensembles de données comme ceux que nous avons utilisés sont essentiels pour fournir aux chercheurs une meilleure compréhension de l'architecture génétique de l'autisme », déclare Trost.
L'équipe de recherche affirme que les données de l'étude peuvent aider à élargir les enquêtes sur la gamme de variantes qui pourraient être liées aux TSA, ainsi que les efforts pour mieux comprendre les contributeurs aux 85 % d'individus autistes pour lesquels la cause génétique reste non résolue. Dans une étude liée de 325 familles atteintes de TSA de Terre-Neuve publiée dans <span class="glossaryLink" aria-describedby="tt" data-cmtooltip="
” data-gt-translate-attributes=”[{“attribute”:”data-cmtooltip”, “format”:”html”}]”>Nature Communications, l'équipe du Dr Scherer a découvert que des combinaisons d'éléments spontanés, héréditaires rares, et les facteurs génétiques polygéniques réunis chez le même individu peuvent potentiellement conduire à différents sous-types d'autisme.
Le Dr Suzanne Lewis, généticienne et chercheuse au BC Children's Hospital Research Institute qui a diagnostiqué de nombreuses familles inscrites à l'étude, a déclaré : « Collectivement, ces dernières découvertes représentent un pas en avant massif dans une meilleure compréhension des circuits génétiques et biologiques complexes liés à TSA. Ce riche ensemble de données offre également la possibilité d'approfondir l'examen d'autres facteurs susceptibles de déterminer les chances d'un individu de développer cette maladie complexe afin d'aider à individualiser les futures approches de traitement.
Références : « Architecture génomique de l'autisme à partir d'une annotation complète de la séquence du génome entier » par Brett Trost, Bhooma Thiruvahindrapuram, Ada JS Chan, Worrawat Engchuan, Edward J. Higginbotham, Jennifer L. Howe, Livia O. Loureiro, Miriam S. Reuter, Delnaz Roshandel, Joe Whitney, Mehdi Zarrei, Matthew Bookman, Cherith Somerville, Rulan Shaath, Mona Abdi, Elbay Aliyev, Rohan V. Patel, Thomas Nalpathamkalam, Giovanna Pellecchia, Omar Hamdan, Gaganjot Kaur, Zhuozhi Wang, Jeffrey R. MacDonald, John Wei , Wilson WL Sung, Sylvia Lamoureux, Ny Hoang, Thanuja Selvanayagam, Nicole Deflaux, Melissa Geng, Siavash Ghaffari, John Bates, Edwin J. Young, Qiliang Ding, Carole Shum, Lia D'Abate, Clarrisa A. Bradley, Annabel Rutherford, Vernie Aguda, Beverly Apresto, Nan Chen, Sachin Desai, Xiaoyan Du, Matthew LY Fong, Sanjeev Pullenayegum, Kozue Samler, Ting Wang, Karen Ho, Tara Paton, Sergio L. Pereira, Jo-Anne Herbrick, Richard F. Wintle, Jonathan Fuerth, Juti Noppornpitak, Heather Ward, Patrick Mage e, Ayman Al Baz, Usanthan Kajendirarajah, Sharvari Kapadia, Jim Vlasblom, Monica Valluri, Joseph Green, Vicki Seifer, Morgan Quirbach, Olivia Rennie, Elizabeth Kelley, Nina Masjedi, Catherine Lord, Michael J. Szego, Ma'n H. Zawati , Michael Lang, Lisa J. Strug, Christian R. Marshall, Gregory Costain, Kristina Calli, Alana Iaboni, Afiqah Yusuf, Patricia Ambrozewicz, Louise Gallagher, David G. Amaral, Jessica Brian, Mayada Elsabbagh, Stelios Georgiades, Daniel S. Messinger , Sally Ozonoff, Jonathan Sebat, Calvin Sjaarda, Isabel M. Smith, Peter Szatmari, Lonnie Zwaigenbaum, Azadeh Kushki, Thomas W. Frazier, Jacob AS Vorstman, Khalid A. Fakhro, Bridget A. Fernandez, ME Suzanne Lewis, Rosanna Weksberg, Marc Fiume, Ryan KC Yuen, Evdokia Anagnostou, Neal Sondheimer, David Glazer, Dean M. Hartley et Stephen W. Scherer, 10 novembre 2022, Cellule.
DOI : 10.1016/j.cell.2022.10.009
"Le score de variante rare à l'échelle du génome est associé à des sous-types morphologiques de troubles du spectre autistique" par Ada JS Chan, Worrawat Engchuan, Miriam S. Reuter, Zhuozhi Wang, Bhooma Thiruvahindrapuram, Brett Trost, Thomas Nalpathamkalam, Carol Negrijn, Sylvia Lamoureux, Giovanna Pellecchia, Rohan V. Patel, Wilson WL Sung, Jeffrey R. MacDonald, Jennifer L. Howe, Jacob Vorstman, Neal Sondheimer, Nicole Takahashi, Judith H. Miles, Evdokia Anagnostou, Kristiina Tammimies, Mehdi Zarrei, Daniele Merico, Dimitri J. Stavropoulos, Ryan KC Yuen, Bridget A. Fernandez et Stephen W. Scherer, 29 octobre 2022, Communications Nature.
DOI: 10.1038 / s41467-022-34112-z
Le financement a été fourni par le Centre McLaughlin de l'Université de Toronto, Genome Canada/Ontario Genomics, Genome BC, le gouvernement de l'Ontario, les Instituts de recherche en santé du Canada, la Fondation canadienne pour l'innovation, Autism Speaks, Autism Speaks Canada, Brain Child, Kids Brain Health Network, Fonds national de recherche du Qatar, Ontario Brain Institute, SFARI et SickKids Foundation.
