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周一,十月2,2023
欧洲ECDC 发布有关 SARS-CoV-2 变体的新仪表板

ECDC 发布有关 SARS-CoV-2 变体的新仪表板

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如何读取和解释数据

如果一个国家的数据可从多个来源获得,则使用的默认来源是过去两周序列数最多的来源。

最近报告周的数据已被排除,因为它们可能不完整。

用于测序体积的类别基于提供的样本选择指南 ECDC对SARS-CoV-2测序的技术指导 以及 代表性和靶向基因组 SARS-CoV-2 监测指南:

  1. ≥500 或 ≥10% 的病例: 500 个或更多,或至少 10% 的所有样本按周测序; 如果样本是随机选择的,则可以跟踪趋势并估计变体的分布。 更高的数字将提高准确性,并允许检测占循环病毒比例较小的变体。
  2. 60-499: 每周超过 60 个但低于 500 个测序样本。 如果样本是随机选择的,则可以检测到占所有循环变体 2.5% 以上的变体并跟踪趋势,但估计变体分布将不准确。
  3. <60: 如果以随机和有代表性的方式进行采样,每周在 60 个选定的样本中,特定变体必须占要检测的所有循环病毒的至少 5%。 这意味着该系统在对整体流行病学状况产生影响之前检测出令人担忧的循环变异的能力很差。

如何使用仪表板:

选择周数以过滤地图和变体分布图。

选择国家以过滤这两个图表。

通过单击“手动配置源”并使用“源” 过滤器(右上角)切换源。

限制:

由于并未报告所有生成的序列,因此可能会低估某些国家的测序活动。 请参阅 国家概览报告 额外的限制。

只有当测序能力足够时(≥500 或 ≥10% 的总样本),变异的比例才是可靠的。 即使这样,估计也必须谨慎对待,因为如果测序的病毒不能代表该国的所有病例,它们可能会有偏差。 对于 TESSy 数据,在没有可靠分母可用的情况下,没有估计变体的比例。 

背景资料

自从发现 SARS-CoV-2 以来,首先在英国 (B.1.1.7)、南非 (B.1.351) 和巴西 (P.1) 发现的三个受关注变体与更高疾病的传播性和严重程度,对获得性免疫或当前疫苗的有效性有潜在影响。 此外,2 年 1.617.1 月在印度首次报道的 SARS-CoV-1.617.2 谱系 B.1.617.3、B.2020 和 B.XNUMX 在其他国家也越来越多地被发现。

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