CSC - IT Center for Science fait partie intégrante du système de recherche national finlandais. Sa mission est de développer, intégrer et offrir des services informatiques de haute qualité pour la recherche, l'éducation, la culture, l'administration publique et l'industrie.
Pour faire passer le développement de l'IA en pathologie à un niveau supérieur, un consortium européen réunissant des centres de recherche européens de premier plan, des hôpitaux ainsi que de grandes industries pharmaceutiques, va développer un référentiel pour le partage des données de pathologie.
Le projet BIGPICTURE, d'une durée de 6 ans et d'un montant de 70 millions d'euros, ouvrira une nouvelle ère en pathologie.
La pathologie est la pierre angulaire du bilan de nombreuses maladies telles que le cancer, les maladies auto-immunes, du suivi après transplantation et est également essentielle pour l'évaluation de la sécurité des médicaments. Il est basé sur l'examen d'échantillons de tissus (lames) au microscope. Cependant, malgré son rôle central, il repose encore fortement sur l'interprétation qualitative par un pathologiste qualifié.
Si le microscope symbolise le métier, la numérisation des lames de ces dernières années a déclenché une révolution : non seulement les images peuvent désormais être partagées et accessibles à distance, mais elles peuvent aussi être traitées par ordinateur. Cela ouvre la porte à des applications d'intelligence artificielle (IA) pour aider le pathologiste et aider à étudier les maladies, trouver de meilleurs traitements et contribuer aux 3R (remplacer, réduire et affiner l'utilisation des animaux dans la recherche). Cependant, le développement d'applications d'IA robustes nécessite de grandes quantités de données, ce qui dans le cas de la pathologie signifie une énorme collection de lames numériques et les données médicales nécessaires à leur interprétation. Leur partage est jusqu'à présent resté difficile en raison de la capacité de stockage de données nécessaire pour héberger une collection suffisamment importante et des préoccupations concernant le caractère confidentiel des informations médicales.
Pour permettre le développement rapide de l'IA en pathologie, le projet BIGPICTURE vise à créer la première plateforme européenne, éthique et conforme au RGPD (Règlement Général sur la Protection des Données), de qualité contrôlée, dans laquelle coexisteront à la fois des données à grande échelle et des algorithmes d'IA. La plateforme BIGPICTURE sera développée de manière durable et inclusive en mettant en relation des communautés de pathologistes, de chercheurs, de développeurs d'IA, de patients et d'acteurs de l'industrie.
Le projet est divisé en quatre volets principaux qui concernent la collecte de données à grande échelle. Tout d'abord, une infrastructure (matérielle et logicielle) doit être créée pour stocker, partager et traiter des millions d'images pouvant atteindre des gigaoctets chacune. Deuxièmement, des contraintes juridiques et éthiques doivent être mises en place pour garantir une utilisation adéquate des données tout en respectant pleinement la vie privée du patient et la confidentialité des données. Ensuite, un ensemble initial de 3 millions de lames numériques d'humains et d'animaux de laboratoire sera collecté et stocké dans le référentiel pour fournir des données pour le développement d'outils d'IA en pathologie. Enfin, des fonctionnalités d'aide à l'utilisation de la base de données ainsi qu'au traitement des images à des fins de diagnostic et de recherche seront développées.
BIGPICTURE est un partenariat public-privé financé par l'IMI, avec une représentation d'institutions universitaires, de petites et moyennes entreprises (PME), d'organismes publics et de sociétés pharmaceutiques, ainsi qu'un vaste réseau de partenaires contributeurs. Les partenaires du consortium impliqués dans le projet sont :
Institutions académique: Radboud University Medical Center (NL), Linköping University (SE), Leeds Teaching Hospitals NHS Trust (UK), University Medical Center Utrecht (NL), Uppsala University (SE, nœud ELIXIR), Haute Ecole Spécialisée de Suisse Occidentale (CH) , Eindhoven University of Technology (NL), University of Warwick (UK), Technical University of Munich (DE), Medical University Graz (AT), Institut Pasteur (FR), University of Liege (BE), University of Semmelweis (HU) , National Cancer Institute (NL), Region Östergötland (SE), Medical University Vienna (AT), University of Marburg (DE), Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin kuntayhtymä (FI),
Les compagnies pharmaceutiques: Novartis Pharma AG (CH), Janssen Pharmaceutica NV (BE), Bayer AG (DE), Boehringer Ingelheim International GmbH (DE), Novo Nordisk A/S (DK), Pfizer Ltd (GB), Roche (CH), Sanofi Aventis recherche et développement (FR), Institut de Recherches Internationales Servier (FR) et UCB Biopharma SRL (BE).
Autres organismes publics et privés: CSC – IT Center for Science Finland (FI, ELIXIR node), Biobanks and biomolecular resources research infrastructure (AT), Azienda Ospedaliera Per L'Emergenza Cannizzaro (IT), Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung eV(DE), Deutsches Institut für Normung EV (DE), European Institute for Innovation through Health Data (BE), European Society of Pathology (BE), Digital pathology association (US), GBG Forschungs Gmbh (DE), ttopstart (NL), Sectra AB (SE ), Cytomine SCRLFS (BE), Stichting Lygature (NL), Owkin (FR), Deciphex (IE), MedicalPhit (NL), Timelex (BE),
Dans ce projet à grande échelle, CSC - IT Center for Science, en collaboration avec les universités de Linköping et d'Uppsala, construira une plate-forme avec un mécanisme d'accès sécurisé aux données pour recevoir et stocker des images pathologiques et leurs données descriptives. La mise en œuvre utilise les composants de service développés dans l'infrastructure européenne des sciences de la vie ELIXIR et dans le projet nordique Tryggve. En particulier, le SCC a développé des outils pour le mécanisme d'accès aux données de recherche qui jouent un rôle clé dans ce projet.
– Lorsque les utilisateurs du CSC pourront demander l'accès à des ensembles complets de données d'images pathologiques, ces données combinées aux ressources informatiques HPC uniques à proximité constitueront une opportunité attrayante de piloter des innovations numériques telles que des algorithmes de diagnostic », déclare Tommi Nyrönen, responsable du nœud de ELIXIR Finlande de CSC.
BIGPICTURE démarre le 1er février 2021 et durera 6 ans. Cependant, la plate-forme est destinée à durer et le consortium élaborera des plans de durabilité pour maintenir et continuer à développer la plate-forme au-delà de ce terme.
Plus d'information
Contact en Finlande : Tommi Nyrönen, CSC, +358 50 381 9511, tommi.nyronen sur csc.fi
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Reconnaissance de soutien et clause de non-responsabilité
Ce projet a reçu un financement de l'entreprise commune Initiative Médicaments Innovants 2 dans le cadre de la convention de subvention n° 945358. Cette entreprise commune bénéficie du soutien du programme de recherche et d'innovation Horizon 2020 de l'Union européenne et de l'EFPIA. www.imi.Europe. UE
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Cet article a été première publication le 28 janvier par le SCC.
