Comment lire et interpréter les données
Lorsque les données d'un pays sont disponibles à partir de plusieurs sources, la source par défaut utilisée est celle avec le plus grand nombre de séquences au cours des deux dernières semaines.
Les données de la semaine de déclaration la plus récente ont été exclues, car elles peuvent être incomplètes.
Les catégories utilisées pour le volume de séquençage sont basées sur les directives de sélection d'échantillon fournies dans Conseils techniques de l'ECDC pour le séquençage du SARS-CoV-2 et le conseils pour une surveillance génomique représentative et ciblée du SARS-CoV-2:
- ≥500 ou ≥10% des cas : 500 ou plus, ou au moins 10 % de tous les échantillons séquencés, par semaine ; si les échantillons sont choisis au hasard, il est possible de suivre les tendances et d'estimer la distribution des variants. Des nombres plus élevés augmenteraient la précision et permettraient la détection de variantes représentant une plus petite proportion de virus en circulation.
- 60-499: Plus de 60 mais moins de 500 échantillons séquencés par semaine. Si les échantillons sont sélectionnés au hasard, il est possible de détecter une variante représentant plus de 2.5 % de toutes les variantes en circulation et de suivre les tendances, mais l'estimation de la distribution des variantes serait inexacte.
- <60: Sous 60 échantillons sélectionnés par semaine, une variante spécifique devrait représenter au moins 5 % de tous les virus en circulation pour être détectée, si l'échantillonnage est effectué de manière aléatoire et représentative. Cela signifie que le système aura une faible capacité à détecter les variants préoccupants en circulation avant qu'ils n'aient un impact sur la situation épidémiologique globale.
Comment utiliser le tableau de bord :
Sélectionnez le numéro de semaine pour filtrer les cartes et le graphique de distribution des variantes.
Sélectionnez le pays pour filtrer les deux graphiques.
L'ensemble du tableau de bord peut être filtré pour n'afficher que les données lorsque les volumes de séquençage étaient supérieurs à ceux recommandés par l'ECDC (> = 500 séquences ou > = 10 % des cas séquencés au cours d'une semaine spécifique) en cliquant sur "configurer les sources manuellement" et en utilisant le » filtre (en haut à droite) pour changer de source.
Limitations:
Comme toutes les séquences générées ne sont pas rapportées, des sous-estimations des activités de séquençage dans certains pays peuvent se produire. Veuillez consulter le rapport d'ensemble du pays pour des restrictions supplémentaires.
La proportion de variants n'est fiable que lorsque la capacité de séquençage est adéquate (≥500 ou ≥10 % du total des échantillons). Même dans ce cas, les estimations doivent être traitées avec prudence car elles peuvent être biaisées si les virus séquencés ne sont pas représentatifs de tous les cas dans le pays. Pour les données TESSy, aucune proportion de variants n'a été estimée en l'absence de dénominateur fiable disponible.
Informations d'arrière-plan
Depuis la découverte du SRAS-CoV-2, trois variantes préoccupantes, identifiées pour la première fois au Royaume-Uni (B.1.1.7), en Afrique du Sud (B.1.351) et au Brésil (P.1), ont été associées à une la transmissibilité et la gravité de la maladie, avec des implications potentielles pour l'immunité acquise ou l'efficacité des vaccins actuels. De plus, les lignées SARS-CoV-2 B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3, signalées pour la première fois en Inde en décembre 2020, ont été de plus en plus détectées dans d'autres pays.
