"China accepteert geen mensenrechtenactivisten en is tegen dubbele moraal", zei hij volgens de Chinese staatsmediadienst Xinhua.
Van de Leyen zei dat de gesprekken, die oorspronkelijk waren gemarkeerd als een belangrijke gebeurtenis op weg naar een bilateraal vrijhandelsverdrag tussen het blok en de Aziatische reus, "openhartig en open, constructief en intens" waren.
Duitsland heeft lang een beleid van stille diplomatie met China gevoerd, maar is assertiever geworden in 2020, heeft vorige week zijn eerste Indo-Pacific-strategie vrijgegeven en zijn principes uiteengezet voor meer Europese actie in de regio om te waken tegen "aanzienlijke verschuivingen in de balans van stroom".
China heeft zaterdag de invoer van Duits varkensvlees verboden. Het Chinese douanekantoor zei dat de beslissing was gebaseerd op gevallen van Afrikaanse varkenspest. De Chinese regering heeft dit jaar handelsinbreuken uitgevaardigd op Australische wijn, gerst, tarwe en rundvlees na geschillen over het coronavirus, Hong Kong, de Zuid-Chinese Zee en Xinjiang.
Minister van Buitenlandse Zaken Marise Payne gebruikte dinsdag een virtuele toespraak voor de Verenigde Naties om te zeggen: rechten van de mens moet centraal staan in debatten en besluitvorming nu de wereld worstelt met het coronavirus.
"Australië is er vast van overtuigd dat landen die in eigen land de principes hooghouden, meer geneigd zijn om samen te werken op manieren om het algemeen welzijn te bevorderen, met respect voor fundamentele mensenrechten en vrijheden", zei ze.
De staatsmediadienst Xinhua meldde dat Xi fel gekant was tegen de inmenging van welk land dan ook in de binnenlandse aangelegenheden van China.
"De essentie van Hong Kong-gerelateerde en Xinjiang-gerelateerde kwesties is het beschermen van China's nationale soevereiniteit, veiligheid en eenheid, en het beschermen van de rechten van mensen van alle etnische groepen om in vrede te leven en te werken", zei hij.
Uren na de bijeenkomst drong de Amerikaanse onderminister van Buitenlandse Zaken, David Stillwell, aan op meer samenwerking in de Indo-Pacific om de groeiende invloed van China in de regio tegen te gaan.
"We sluiten ons al een tijdje aan bij een koor onder leiding van Australië", zei hij.
De VS kondigden dinsdag nieuwe handelsmaatregelen aan tegen China en blokkeerden producten die volgens hen door dwangarbeid zijn gemaakt in Xinjiang, waar de Oeigoerse moslimminderheid naar "heropvoedingskampen" is gestuurd.
De maatregel verbiedt katoen, elektronica en haarproducten van specifieke fabrikanten in Xinjiang. China is 's werelds grootste katoenproducent en meer dan 80 procent daarvan komt uit de semi-autonome regio.
"Dit is geen centrum voor beroepsopleidingen, het is een concentratiekamp, een plaats waar religieuze en etnische minderheden worden misbruikt en gedwongen worden te werken in erbarmelijke omstandigheden zonder verhaal en zonder vrijheid", zei plaatsvervangend plaatsvervangend secretaris van de Amerikaanse Binnenlandse Veiligheid, Ken Cuccinelli.