Om genetiese risikovariante in die ABO-geen te hê, kan die kanse om te ontwikkel aansienlik verhoog Covid-19, en ander gene kan ook die risiko van COVID-19 verhoog, volgens navorsing wat by die ATS 2021 Internasionale Konferensie aangebied is.
Baie oor COVID-19 bly 'n mediese raaisel, insluitend of sekere gene individue 'n groter risiko plaas om die SARS-COV-2 virus, wat COVID-19 veroorsaak. Ana Hernandez Cordero, PhD, nadoktorale genoot by die Sentrum vir Hartlonginnovasie, Universiteit van Brits-Columbië, en kollegas het integrerende genomika gekombineer met proteomika gebruik om hierdie gene te identifiseer.
Genomiese navorsing identifiseer spesifieke gene wat 'n rol kan speel in biologiese prosesse soos die ontwikkeling van siektes, terwyl proteomika dieselfde doen vir proteïene. Navorsers kan 'n vollediger prentjie van siekteprosesse kry deur instrumente te integreer om beide te ondersoek.
"DNA is 'n groot, komplekse molekule en dus kan genetiese assosiasies alleen nie die presiese geen bepaal wat verantwoordelik is vir COVID-19 nie,” het dr. Hernandez gesê. "Deur COVID-19 genetiese inligting met geenuitdrukking en proteomiese datastelle te kombineer, kan ons egter uitvind watter gene die verhouding met COVID-19 dryf."
Die navorsers het genetiese inligting gekombineer met 'n ondersoek van longgeenuitdrukking om genetiese variante te identifiseer wat geenuitdrukking in die long beheer wat vir COVID-19 verantwoordelik was. Die navorsers het spesifieke gene se merkers geïdentifiseer wat hul uitwerking op geenuitdrukking en proteïenvlakke met COVID-19 vatbaarheid deel. Vir die ontleding het hulle bioinformatika gebruik om te integreer: (1) 'n genomiese datastel wat verkry is van pasiënte wat met SARS-CoV-2 sowel as nie-geïnfekteerde individue (kontroles) besmet is; (2) long- en bloedweefselgeenuitdrukking-datastelle van kliniese populasies (nie-COVID-19); en (3) 'n proteoomdatastel verkry van bloedskenkers (nie-COVID-19).
Deur dit te doen, het hulle gevind dat verskeie gene wat verantwoordelik is vir die immuunstelsel se reaksie op COVID-19 ook betrokke is by COVID-19 vatbaarheid. Wat hulle ontdek het, is ondersteun deur die bevindinge van vorige navorsing.
Op soek na kandidaatgene in bloedproteïene, kon hulle 'n stap verder gaan om die uitwerking van gene aan vatbaarheid vir COVID-19 te verbind. Bloedproteomika kan ook help om merkers in die bloed te identifiseer wat maklik gemeet kan word om siektestatus aan te dui, en moontlik om die siekte te monitor.
"Deur die krag van genomiese inligting te benut, het ons gene geïdentifiseer wat verband hou met COVID-19," het dr. Hernandez gesê. “Ons het veral gevind dat die ABO-geen 'n beduidende risikofaktor vir COVID-19 is. Van besondere belang was die verband tussen die bloedgroep ABO en COVID-19-risiko. Ons het gewys dat die verhouding nie net ’n assosiasie is nie, maar oorsaaklik.”
Benewens die ABO-geen, het dr. Hernandez en kollegas gevind dat mense wat sekere genetiese variante vir SLC6A20, ERMP1, FCER1G en CA11 dra, 'n aansienlik groter risiko het om COVID-19 op te doen. “Hierdie individue moet uiters versigtig wees tydens die pandemie. Hierdie gene kan ook goeie merkers wees vir siektes sowel as potensiële geneesmiddelteikens.”
Verskeie van die gene wat in die navorsers se ontleding geïdentifiseer is, is reeds met respiratoriese siektes verbind. ERMP1 is byvoorbeeld aan asma gekoppel. CA11 kan ook die COVID-19-risiko vir mense met diabetes verhoog.
Genetiese assosiasies vir COVID-19 en geen- en proteïenuitdrukking is gekombineer met behulp van integrerende genomika (IG). IG het ten doel om meganismes (byvoorbeeld: geenuitdrukkingsvlakke) te identifiseer wat die effekte van die genetiese kode met 'n komplekse siekte verbind. Hierdie metodes, hoewel kompleks, is ook vinnig en hul uitkomste kan navorsers help om kandidaatgene vir in vitro (in die laboratorium) en in vivo (in lewende organismes) toetsing te prioritiseer.
Dr. Hernandez het bygevoeg, "Ons navorsing het gevorder sedert die tyd dat ons die eerste keer hierdie ontleding gedoen het. Ons het nou selfs meer interessante kandidate vir COVID-19 soos IL10RB, IFNAR2 en OAS1 geïdentifiseer. Hierdie gene is gekoppel aan ernstige COVID-19. Hul rol in die immuunrespons op virale infeksies en toenemende bewyse dui daarop dat hierdie kandidate en hul rol in COVID-19 verder ondersoek moet word.”
Verwysing: "Integrative Genomic Analysis Highlights Potential Genetic Risk Factors for Covid-19" deur AI Hernandez Cordero, X. Li1, S. Milne, C. Yang, Y. Bossé, P. Joubert, W. Timens, M. Van den Berge , D. Nickle, K. Hao en DD Sin, 3 Mei 2021, ATS 2021 Internasionale Konferensie.
Abstract
