L'ECDC rilascia una nuova dashboard sulle varianti SARS-CoV-2

Come leggere e interpretare i dati

Laddove i dati per un paese sono disponibili da più di una fonte, la fonte predefinita utilizzata è quella con il maggior numero di sequenze nelle ultime due settimane.

I dati per la settimana di riferimento più recente sono stati esclusi, in quanto potrebbero essere incompleti.

Le categorie utilizzate per il sequenziamento del volume si basano sulla guida alla selezione del campione fornita in Guida tecnica dell'ECDC per il sequenziamento di SARS-CoV-2 e il suo tool proprietario guida per il monitoraggio genomico SARS-CoV-2 rappresentativo e mirato:

1. ≥500 o ≥10% dei casi: 500 o più, o almeno il 10% di tutti i campioni sequenziati, per settimana; se i campioni vengono selezionati casualmente, è possibile seguire le tendenze e stimare la distribuzione delle varianti. Numeri più alti aumenterebbero la precisione e consentirebbero il rilevamento di varianti che rappresentano una percentuale minore di virus circolanti.
2. 60-499: Superiore a 60 ma inferiore a 500 campioni sequenziati per settimana. Se i campioni vengono selezionati casualmente, è possibile rilevare una variante che rappresenta più del 2.5% di tutte le varianti circolanti e seguire le tendenze, ma la stima della distribuzione delle varianti sarebbe imprecisa.
3. <60: Sotto 60 campioni selezionati per settimana, una variante specifica dovrebbe rappresentare almeno il 5% di tutti i virus circolanti da rilevare, se il campionamento viene eseguito in modo casuale e rappresentativo. Ciò significa che il sistema avrà una scarsa capacità di rilevare le varianti circolanti di preoccupazione prima che abbiano un impatto sulla situazione epidemiologica generale.

Come utilizzare la dashboard:

Seleziona il numero della settimana per filtrare le mappe e il grafico di distribuzione delle varianti.

Seleziona il paese per filtrare entrambi i grafici.

L'intero dashboard può essere filtrato per mostrare solo i dati quando i volumi di sequenziamento erano superiori a quelli consigliati dall'ECDC (>=500 sequenze o >=10% dei casi sequenziati in una settimana specifica) facendo clic su "configura sorgenti manualmente" e utilizzando la "fonte ” (in alto a destra) per cambiare sorgente.

limitazioni:

Poiché non tutte le sequenze generate vengono riportate, potrebbero verificarsi sottostima delle attività di sequenziamento in alcuni paesi. Si prega di vedere il rapporto di panoramica del paese per ulteriori limitazioni.

La proporzione di varianti è affidabile solo quando la capacità di sequenziamento è adeguata (≥500 o ≥10% dei campioni totali). Anche in questo caso, le stime devono essere trattate con cautela poiché potrebbero essere distorte se i virus sequenziati non sono rappresentativi di tutti i casi nel paese. Per i dati TESSy, non è stata stimata alcuna proporzione di varianti in cui non è disponibile un denominatore affidabile. 

Informazioni di base

Dalla scoperta di SARS-CoV-2, tre varianti preoccupanti, identificate per la prima volta nel Regno Unito (B.1.1.7), Sud Africa (B.1.351) e Brasile (P.1), sono state associate a livelli più elevati di trasmissibilità e gravità della malattia, con potenziali implicazioni per l'immunità acquisita o l'efficacia degli attuali vaccini. Inoltre, i lignaggi SARS-CoV-2 B.1.617.1, B.1.617.2 e B.1.617.3, segnalati per la prima volta in India nel dicembre 2020, sono stati sempre più rilevati in altri paesi.