"Kina godtar ikke menneskerettighetsforkjempere og motsetter seg dobbeltmoral," sa han ifølge den kinesiske statlige medietjenesten Xinhua.
von der Leyen sa at samtalene, opprinnelig markert som en nøkkelbegivenhet på veien mot en bilateral frihandelsavtale mellom blokken og den asiatiske giganten, var «oppriktige og åpne, konstruktive og intense».
Tyskland har lenge opprettholdt en politikk med stille diplomati med Kina, men har blitt mer selvsikker i 2020, og ga ut sin første indo-Stillehavsstrategi i forrige uke og la ut sine prinsipper for å øke europeisk handling i regionen for å beskytte mot "betydelige endringer i balansen mellom makt".
Kina forbød import av tysk svinekjøtt lørdag. Det kinesiske tollkontoret sa at avgjørelsen var basert på tilfeller av afrikansk svinepest. Den kinesiske regjeringen har i år utstedt handelsbrudd på australsk vin, bygg, hvete og storfekjøtt etter tvister om koronaviruset, Hong Kong, Sørkinahavet og Xinjiang.
Utenriksminister Marise Payne brukte en virtuell tale til FN tirsdag for å si menneskerettigheter må være sentralt i debatter og beslutningstaking når verden kjemper med koronaviruset.
"Australia er overbevist om at nasjoner som opprettholder prinsipper innenlands har større sannsynlighet for å samarbeide på måter som fremmer det felles beste, og respekterer grunnleggende menneskerettigheter og friheter," sa hun.
Den statlige medietjenesten Xinhua rapporterte at Xi var sterkt imot ethvert lands innblanding i Kinas indre anliggender.
"Kjernen i Hong Kong-relaterte og Xinjiang-relaterte spørsmål er å ivareta Kinas nasjonale suverenitet, sikkerhet og enhet, og å beskytte rettighetene til mennesker fra alle etniske grupper til å leve og arbeide i fred," sa han.
Timer etter møtet presset USAs assisterende utenriksminister David Stillwell på for større samarbeid i Indo-Stillehavet for å motvirke Kinas økende innflytelse i regionen.
"Vi slutter oss til et kor ledet av Australia en stund nå," sa han.
USA kunngjorde nye handelstiltak mot Kina på tirsdag, og blokkerte produkter som de hevder er laget av tvangsarbeid i Xinjiang, hvor den uiguriske muslimske minoriteten har blitt sendt til «omskoleringsleire».
Flyttingen vil forby bomull, elektronikk og hårprodukter fra spesifikke produsenter i Xinjiang. Kina er verdens største bomullsprodusent og mer enn 80 prosent av den kommer fra den semi-autonome regionen.
"Dette er ikke et yrkessenter, det er en konsentrasjonsleir, et sted hvor religiøse og etniske minoriteter blir utsatt for overgrep og tvunget til å jobbe under grufulle forhold uten muligheter og ingen frihet," sa USAs fungerende visesekretær Ken Cuccinelli.